Doğumdan sonra şekillenmeye başlayan ve herkeste farklılık gösteren insan mikrobiyotası nispeten stabil hale 2-3 yaşlarında ulaşmakta ve mikrobiyotanın cins ve tür düzeyinde değişiklikler bir şekilde yıllar içinde devam etmektedir. Bu nedenle doğum şekli, anne sütü alımı, ilaç kullanımı ve çevresel faktörler çocuk mikrobiyotasını etkileyen önemli parametrelerdir.